Durch die Berufung wird M. W. Büchler zum Nachfolger von C. Herfarth. Seit Oktober 2001 ist Büchler Direktor der Klinik für Allgemein-, Viszeral- und Unfallchirurgie der Universität Heidelberg, seit März 2003 Geschäftsführender Ärztlicher Direktor der Chirurgischen Universitätsklinik Heidelberg.

Büchlers chirurgischer Schwerpunkt sind Operationen der Bauchspeicheldrüse, insbesondere bei Pankreaskarzinom und chronischer Pankreatitis.

Intelligente Chirurgie" ist das Stichwort für den Mediziner Markus Büchler: So heißt das Graduiertenkolleg, in dem der Direktor der chirurgischen Universitätsklinik Heidelberg und Experte für Allgemein-, Viszeral- und Unfallchirurgie mit einem besonders qualifizierten Team von Nachwuchswissenschaftlern daran arbeitet, neue Methoden für den Operationssaal der Zukunft zu entwickeln.

2012 war er Präsident der Deutschen Gesellschaft für Chirurgie.